被质疑结果无法重复,作者再发3篇Science回复:你们方法弄对了吗?

2020年2月14日,宾夕法尼亚大学Sandipan Ray等人在Science 在线发表题为“Circadian rhythms in the absence of the clock gene Bmal1”的研究论文,该研究确定Bmal1功能对于皮肤成纤维细胞和肝切片中的日常分子振荡是必要的。

但是,很快该文章被质疑重复使用以及结果无法重复,可能会严重影响文章的结论。2021年1月29日,Sandipan Ray等人在Science 发表更正的文章,更正的数据达到了数十个。

2021年4月16日,Katharine C. Abruzzi等人在Science 发表评论文章,重新分析了这些数据,发现该基因型中可再现的mRNA振荡少得多。我们还注意到错误和可能不适当的分析。

2021年4月16日,Sandipan Ray等人在Science 回复了Katharine C. Abruzzi等人的质疑,指出:Abruzzi等人认为,在缺乏Bmal1的情况下在我们的研究中发现的转录组振荡幅度低,统计学意义和一致性低。但是,他们的结论完全依赖于与我们使用的统计算法是不同的。我们提供的统计指标和其他分析表明我们的原始分析和观察结果是准确的。此外,我们突出显示Bmal1独立24小时分子振荡的独立证据。

2021年4月16日,Elan Ness-Cohn等人在Science 发表评论文章,指出:我们重新分析了相关数据。我们无法重现原始发现,也无法确定可靠的周期基因。我们得出的结论是,在没有Bmal1的情况下,没有足够的证据支持昼夜节律的转录节奏。

2021年4月16日,Sandipan Ray等人在Science 回复Elan Ness-Cohn等人的质疑,指出:几项独立的证据表明,在缺乏Bmal1或其他时钟敲除模型的情况下,分子和代谢振荡,支持了我们的观察结果。为了确定在Bmal1 – / –细胞中观察到的转录组水平的振荡是“噪声”而不是真正的昼夜节律,作者可以在他们认为完全没有外部线索的环境中进行相同的实验,以验证实验结果。

昼夜节律时钟(约24小时)在调节日常生理中起着基本作用。转录因子BMAL1是哺乳动物中分子钟的主要驱动器。Bmal1删除取消了24小时活动模式,这是时钟输出的一种度量。

被质疑结果无法重复,作者再发3篇Science回复:你们方法弄对了吗?

2020年2月14日,宾夕法尼亚大学Sandipan Ray等人在Science 在线发表题为“Circadian rhythms in the absence of the clock gene Bmal1”的研究论文,该研究确定Bmal1功能对于皮肤成纤维细胞和肝切片中的日常分子振荡是否必要。

出乎意料的是,在Bmal1基因敲除小鼠中,在没有任何外源性驱动因素(例如日常光照或温度循环)的情况下,这两个组织在2至3天内都表现出转录组,蛋白质组和磷酸化蛋白质组的24小时振荡。该研究建议这样的振荡可能是由ETS家族转录因子募集的转录调控所支撑的。

但是,很快该文章被质疑重复使用以及结果无法重复,可能会严重影响文章的结论。

被质疑结果无法重复,作者再发3篇Science回复:你们方法弄对了吗?

2021年1月29日,Sandipan Ray等人在Science 发表更正的文章,更正的数据达到了数十个。其中指出:

作者在原始手稿中发现了一个错误。在分析过程中,一个数据集(肝脏切片时间进程)中的基因型(Bmal1 + / +和Bmal1-/-)被无意间颠倒了。这会影响图2和3中的某些面板。报告的第一和第三部分以及相关的补充数字和表格。没有其他数据集或分析受到影响。这些更正不会改变本文的结论。

正文中的以下项目已得到纠正:

  • 1、图1(B,C,D):修正了维恩图和热图(交换了Bmal1 + / +和Bmal1-/-面板)
  • 2、图3(A,B,C,D):包括Bmal1 + / +和Bmal1-/-的序列基序分析,以及ETS转录因子的相分布和节律性表达谱。
  • 3、正文中的句子已被删除或修改,以适当地纠正这种基因型倒置。

与倒置肝脏切片数据集相关的补充数字和表格也已得到纠正:

  • 1、表S1,S2和S3:交换数据以反映正确的基因型。
  • 2、图 S1,S2和S3:交换肝脏切片转录组学面板以反映正确的基因型。
  • 3、图S6:在Bmal1 + / +和Bmal1-/-组织中鉴定的节律性ETS转录因子被交换以反映正确的基因型。描述了在Bmal1 + / +和Bmal1-/-中鉴定的节律性ETS转录因子的siRNA耗竭分析。
  • 4、图S9D:已使用更正的肝转录组学数据更新了图。

作者还纠正了Gene Expression Omnibus(GEO)(登录号GSE111696)中单个数据集中的错误。作者非常感谢Kate Abruzzi及其同事关于此错误的早期沟通,他们独立发现了这一错误。

被质疑结果无法重复,作者再发3篇Science回复:你们方法弄对了吗?

2021年4月16日,Katharine C. Abruzzi等人在Science 发表评论文章,指出Sandipan Ray声称Bmal1 – / –肝切片和皮肤成纤维细胞中存在温度补偿的,自由运行的mRNA振荡。Katharine C. Abruzzi等人重新分析了这些数据,发现该基因型中可再现的mRNA振荡少得多。我们还注意到错误和可能不适当的分析。

大多数Bmal1-/-MSF有节奏的转录本幅度低,重要性低,并且在整个数据集中的一致性极低。还值得注意的是,即使在重新分配基因型后,野生型肝切片数据中也没有核心时钟转录物振荡,而其中一些在Bmal1-/-中表现出周期性但非典型的阶段性模式。因此,该分析与Bmal1独立和细胞自治振荡器的主张背道而驰。

被质疑结果无法重复,作者再发3篇Science回复:你们方法弄对了吗?

2021年4月16日,Sandipan Ray等人在Science 回复了Katharine C. Abruzzi等人的质疑,指出:

Abruzzi等人认为,在缺乏Bmal1的情况下在我们的研究中发现的转录组振荡幅度低,统计学意义和一致性低。

但是,他们的结论完全依赖于与我们使用的统计算法是不同的。我们提供的统计指标和其他分析表明我们的原始分析和观察结果是准确的。此外,我们突出显示Bmal1独立24小时分子振荡的独立证据。

被质疑结果无法重复,作者再发3篇Science回复:你们方法弄对了吗?

2021年4月16日,Elan Ness-Cohn等人在Science 发表评论文章,指出:

Sandipan Ray等人报告了缺少核心时钟成分BMAL1的小鼠组织中明显的转录昼夜节律。

为了更好地理解这些令人惊讶的结果,我们重新分析了相关数据。我们无法重现原始发现,也无法确定可靠的周期基因。我们得出的结论是,在没有Bmal1的情况下,没有足够的证据支持昼夜节律的转录节奏。

被质疑结果无法重复,作者再发3篇Science回复:你们方法弄对了吗?

2021年4月16日,Sandipan Ray等人在Science 回复Elan Ness-Cohn等人的质疑,指出:

Elan Ness-Cohn等人声称缺乏足够的证据支持了我们在小鼠皮肤成纤维细胞中缺乏核心时钟基因Bmal1的转录昼夜节律的观察结果。

他们声称,他们无法通过重新分析来复制某些原始发现。我们不同意他们的分析和观点。

几项独立的证据表明,在缺乏Bmal1或其他时钟敲除模型的情况下,分子和代谢振荡,支持了我们的观察结果。

为了确定在Bmal1 – / –细胞中观察到的转录组水平的振荡是“噪声”而不是真正的昼夜节律,作者可以在他们认为完全没有外部线索的环境中进行相同的实验,以验证实验结果。

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